Цільову роботу із розсекречування документів, які знаходяться на спеціальному зберіганні державного архіву області, розпочато відповідно до рішення колегії Головархіву УРСР від 18 травня 1989 року «Про роботу державних архівів республіки по розширенню доступу дослідників до документів ДАФ СРСР». У державному архіві області була створена комісія, до складу якої ввійшли директор, заступник директора, завідувачі відділами та кваліфіковані спеціалісти.
Відповідно до списку Головархіву УРСР від 14 грудня 1989 року, вказівок наради Головархіву УРСР (листопад 1989 р.), а також безпосередніх консультацій із спеціалістами відомств, комісія протягом 1989-1990 років переглянула і розсекретила 462 фонди 11057 справ за 1902-1910, 1918-1988 роки. В 1991-2000 роках розсекречено 73 фонди 6647 справ за 1918-1978 роки.
Ці розсекречені фонди значно поповнили інформаційну базу архіву. За довоєнний період розсекречені фонди райвиконкомів, сільських рад, Херсонського комітету допомоги голодуючим. У розсекречених документах сільських рад є документи про «чистку» радянського апарату, розкуркулення, списки осіб, позбавлених виборчих прав.
Із фондів періоду окупації заслуговує на увагу фонд Херсонського окружного комісара. У складі фонду – документи про забезпечення німецького населення промисловими і продовольчими товарами, листування про мобілізацію матеріальних і людських ресурсів для потреб фронту, організацію роботи промисловості та сільського господарства. Цікаві документи у фондах районних та сільських управ – довідки на отримання хлібних карток, заяви розкуркулених радянською владою про повернення майна, списки членів райуправ, сільуправ, розкуркулених, військовополонених, вивезених до Німеччини громадян.
З повоєнних документів повністю розсекречені фонди обласної, районних і міських комісій із розслідування злочинів нацистських окупантів, списки розстріляних громадян, які працювали в період окупації на керівних посадах. Розсекречені також документи Херсонського облвиконкому про діяльність релігійних громад, у тому числі за період окупації.
У 1991 році відповідно до Указу Президії Верховної Ради України від 27 серпня 1991 року № 1441-Х11 «Про передачу архівів Компартії України» державному архіву області було передано на зберігання 1602 фонди 233946 справ обкому і райкомів Компартії України. У документах відображене виконання рішень партійних, радянських органів, організація партійно-політичної, ідеологічної, атеїстичної, пропагандистської роботи, виконання народногосподарських планів розвитку промисловості, сільського господарства, освіти, культури, охорони здоров’я. Протоколи районних, осередкових комісій містять відомості про «чистку» членів ВКП(б). Також є в документах персонального характеру справи з прийому в партію, особові і персональні справи.
У лютому 1994 року від управління Служби безпеки в Херсонській області надійшло 7035 одиниць зберігання розсекречених справ реабілітованих та фільтраційні справи вигнаних до Німеччини громадян. Вищезазначені відомості про розсекречені фонди державного архіву області увійшли до міжнародного довідника «Реєстр розсекречених архівних фондів України».
Протягом останніх років робота із розсекречування документів колишнього СРСР проводилася відповідно до доручення Кабінету Міністрів України від 24 лютого 2007 року до листа СБУ «Щодо проблем існування засекречених під час колишнього СРСР матеріальних носіїв інформації», наказу Державного комітету архівів України від 16 березня 2007 року № 7ДСК, Указу Президента України від 23 січня 2009 року № 37/2009. В 2009 році робота із перегляду грифів секретності документів, які знаходяться на державному зберіганні, завершена. В 2009 році розсекречено 608 справ. Всього за 2007-2009 роки розсекречено 60 фондів 1980 справ. Це документи обласних установ: Херсонського облвиконкому, відділу юстиції, відділу охорони здоров’я, управління фінансів, ДОСААФ тощо, а також документи міських і районних рад депутатів трудящих. На спеціальному зберіганні залишилося 122 справи: з них 16 справ, яким присвоєно гриф відповідно до ЗВДТ та 106 справ вищестоящих організацій.
У 2010 році завершено роботу над підготовкою реєстру розсекречених архівних фондів до міжнародного довідника «Реєстр розсекречених архівних фондів України» (2004-2010). Триває наповнення Всеукраїнської бази даних «Український мартиролог ХХ ст.» – архівного інформаційно-пошукового проекту у мережі Інтернет, де формується та накопичується база даних щодо жертв голодоморів та усіх форм політичних репресій в Україні впродовж 30-40 років ХХ століття.
На базі розсекречених документів в державному архіві створені автоматизовані бази даних «Відомості про громадян Херсонщини, що були репресовані», «Відомості про громадян, що були вигнані до Німеччини». У 2009 році підготовлена виставка, присвячена репресіям проти священиків і церковнослужителів на Херсонщині у 1920-30-х роках. У читальному залі державного архіву області досить активно працюють дослідники з розсекреченими документами для написання книг та наукових праць.